随着亲和层析技术的发展，蛋白质纯化技术相对简单，蛋白质纯化技术的应用越来越普遍。一步亲和层析可达到90%以上的纯度。然而，蛋白质纯化过程中的每个环节都不容忽视。样品处理、纯化介质的选择、纯化方法的考虑等，虽然纯化方法简单，但蛋白质不同，纯化系统也不同。最好的纯化方法是只要达到最终的纯化目的。
对于亲和层析纯化抗体，无论是蛋白A/G还是特异性抗原亲和层析，酸洗脱峰后通常会加入Tris中和。因为在酸性条件下，蛋白质很容易长期水解。但有一个问题是中和容易产生沉淀。为什么？抗体变性？如何避免这种情况？
这种沉淀主要是因为洗脱过程中的酸性条件导致抗体变形，中和过程中pH的剧烈变化更容易导致抗体变性。沉淀的另一个重要原因是宿主蛋白等杂质含量高。这种杂质中和时容易导致溶液浑浊，导致抗体沉淀。
要减少沉淀的发生，应从几个方面入手：
（1）尽量提高洗脱液的pH值。了解蛋白质pH的稳定性，包括低pH的稳定性和抗体的溶解度。如果pH稳定性低，最好使用Mabselect Sure探索高PH洗脱(PH5).0，4.0，3.0)，可以尝试。高PH可以洗掉，尽量不要选择低PH。
（2）尽量减少宿主蛋白。一些宿主蛋白杂质可以通过深层过滤、絮凝沉淀、超滤等方法去除，然后再进行亲和层析。此外，在亲和分析过程中优化中间洗涤步骤，尽可能去除宿主蛋白。当然，宿主蛋白的含量因批次不同而不同，因此需要加强监测，控制上柱前料液中HCP的含量。最好在上样后添加wash 洗HCP，PH 6添加添加剂wash左右更换)。此外，还有一些介质本身HCP的非特异性吸附(文献中提到了这种情况， agrose非特异吸附少)
（3）可以同时添加一些尿素等变性剂可以提高洗脱液的洗脱能力；精氨酸等蛋白质稳定剂也可以添加，以减少蛋白质的变形；它还可以改善中和条件。中和Tris溶液的浓度和用量不宜过高（通常为5%体积的1m tris）。如果是溶解度低的蛋白质，请适当减少亲和层析进样量；在样品处理和纯化过程中，尽量保持较低的温度 (4-8℃)。
(4)一般纯化后的蛋白质，无论是溶液还是冻干，都需要添加甘油或酒精，糖是稳定的蛋白质保护剂, 避免沉淀。
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