大部分RNA都在进行中 分析之前， RNA 定量是一个重要和必要的步骤。RNA 定量方法可分为紫外线两类：(UV) 该方法基于嘌呤和嘧啶碱基的吸收光谱； 荧光染料的强度是基于荧光染料的方法，结合核酸选择性荧光。如果RNA 样品是纯的（ 如果没有蛋白质、酚、琼脂糖或其他核酸污染)，使用紫外线 用碱基吸收的紫外线测量分光光度法 射线简单准确。然而，如果样品中含有更多的杂质，或RNA 浓度很低，最好以荧光染料为基础。
紫外吸收分光光度法
常规分光光度法
用于测量纯化RNA的RNA 样品中的RNA 浓度最常用的方法是260nm 测量相对于空白样品的吸光度(A260) ，也就是说，用于溶解RNA 相同的溶剂。A260 为1.0 对应40μg/mL 单链RNA 。计算溶液中RNA浓度的公式如下：
RNA 样品浓度(μg/mL) =A260 X 40 X 稀释倍数
这种方法所需的设备很少，通常包括：配备紫外线的分光光度计和石英比色皿或特殊的塑料比色皿（测量核酸吸光所需的短波长被玻璃和一些塑料比色皿吸收） 。吸收光谱法因其快速、简单、无损的样品而被用来测量纯浓缩液中RNA的含量。该方法的准确性取决于几个因素。
- RNA 溶液浓度。吸收光谱法的局限性之一是它相对不敏感，因此核酸浓度至少为大多数实验室的4μglmL 获得可靠的A260 。另外， RNA 溶液浓度必须在分光光度计的线性范围内；通常， A260 值应落在0.1 ~ 1.0 在此范围之间，不能准确测量。如果溶液A260 为1.0, 应稀释5 ~ 10 倍。如果溶液A260为0.1, 小量RNA应选择更准确的测量 浓度的方法。
- RNA 样品的纯度。A260 RNA无法区分 和DNA, 因此，建议使用无RNasee 处理RNA的DNase 去除DNA的样品 此外，苯酚和蛋白质等污染物会影响A260 读数；苯酚波长为260nm 芳香族氨基酸在280nm处吸收强烈。260nm 与280nm相比，吸光度相对于280nm 吸光比值(A260/A280) 可用于评估RNA样品中蛋白质的污染水平。纯RNA 的A260/A280 值接近2.0 。若有明显的蛋白质或酚污染， A260/A280 比小于2 . 0, 不可能用紫外分光光度法准确定量核酸含量。另一个比值A260/A230 可用于有机化合物或高离液盐的评估( chaotropic salt) 波长230nm处的污染水平被强烈吸收，导致低A260/A230 。理想情况下，提取RNAAA260/A230 比例应接近2.0 。
- pH 和离子强度。A260/A280 比例取决于pH 和离子强度。pH值 的增加， A280 降低，但A260 不受影响，所以A260/A280 由于纯水的比值增加。（ 如蒸馏水、MilliQ 或者没有RNase//DNase 水） pH 如果使用它们溶解RNA是酸性的， A260/A280 比例可能较低。因此，为了准确、可重复地读数，最好使用TE等缓冲液 ( pH8.0 ) 作为稀释剂和空白对比
- 干净的比色杯。脏石英比色皿，灰尘颗粒，RNA 溶液的混浊度会导致320nm处光散射，影响A260 读数。因为在320nm 不吸收蛋白质和核酸，需要背景校正:减去之前使用的相同比色皿A320 估计RNA 的吸光度。
微量分光光度计
除了低灵敏度外，传统分光光度法的另一个局限性是它比色杯更大。如果你不想失去一些样品，就很难对低浓度的RNA进行处理 进行定量。为了克服这些间题，微量分光光度法后来开发出来，可以高度准确，可以重复分析小体积样品( 0.5 ~ 2.0μL ) ，不需要比色皿、毛细管或其他样品设备。这种仪器包括但不限于NanoDrop 分光光度计(Thermo Scientific ) 、NanoVue 分光光度计，Nano-Photometer UVNis 分光光度计( Implen ) Picodrop Microliter UV/Vis 分光光度计。这些仪器可以测量大的波长范围(通常是200~1 lOOnm ) ，因此，可以用来测量RNA 、DNA 在某些情况下，还可以测量染料(如花青素染料Cy3) 和Cy5 标记的）。仪器还可以扫描波长以检测杂质；然后仪器软件将显示整个波长范围内的光谱， 计算A260 以及A260/A280 和A260/A230 值。用吸头轻松回收样品，或擦拭样品板或清洁传感器。值得注意的是， Picodrop 样品可直接用吸头测量，无污染，可完全回收。
在这些工具中， NanoDrop 也许是最常用的。NanoDrop 分光光度计家族采用获得专利的样品保留系统，可分析体积小至0.5~2.0μL 的样品。使用该仪器只需将样品直接吸收到光学“基座”中，并放下上部的“样品臂”＂覆盖样品，由于表面张力而产生液体＂样本柱被保留在适当的位置。然后将基座移动自动调整为理想的通道长度(1mm) 。然后使用安装在基座上的两种光纤(发射的疝气灯)和样品臂［线性电荷耦合( CCD ) 阵列探测器的光谱仪］光谱测定。最早的NanoDrop 仪器——NanoDrop ND-1000 紫外／可见分光光度计的波长范围为220 ~ 750nm, 可以测定lμL 浓度为2 ~ 3000ng/mL 样品，不需要稀释， 这比传统分光光度计宽50左右 倍。新的NanoDrop 该仪器提供了更大的波长范围，扩大了浓度范围和比色槽性能，可一次分析96个样品。
