大多数蛋白质凝胶电泳是十二烧基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳的还原条件(SDS- PAGE) 。
＊样品准备
还原试剂2－在变性胶样品缓冲液中加入硫基乙醇或二硫苏糖醇，还原蛋白质中的二硫键，确保蛋白质保持在测量分子量所需的不规则卷曲状态。
- 样品缓冲液分为小管，储存在小管中－20℃ 。甘油浓度高，足以防止样品冻结，所以不用担心冻融造成的损坏。当管道中没有还原试剂的味道时，应该使用一管新的还原试剂。
- SDS-PAGE: 2 x 缓冲液含有4%的缓冲液 SDS 、20% 甘油、10% 2－或100 mmol0.004%/L二硫苏糖醇) 溴酚蓝， 0.125mol/L Tris-HCI, pH 近似于6.8 。
- 样品必须在即将到来的样品缓冲液中煮沸(或95℃) 加热)5min 。如果在烧杯或浴缸中加热，请使用漂浮的管架。必要时，用苯乙烯塑料戳几个洞。煮沸后，将管子放在冰上冷却。打开盖子时，紧紧抓住管子。如果管道内的压力没有完全释放，可以防止盖子弹出。
- 如果盖上盖子煮样品，盖子可能会弹开，整个管子可能会爆炸到空中。有几种方法可以避免这种情况：当样品即将爆炸时，轻轻打开管道释放压力；每根管子上都可以用针戳一个小孔，但不能用于放射性样品。用于烹饪样品的架子有几种， 可将小管盖紧紧夹住， 防止它弹开。最好的解决办法是用塑料夹子把小管盖紧，防止它弹开。
＊标准参照物／分子质量标记
- 标准参考材料范围高、范围低、范围广。市场上有未染色或预染色的，使用预染色更方便。除非另有说明，否则标准参考材料应存储在中－20 ‘C 。
- 染料与标准分子质量标记的共价结合改变了蛋白质分子的质量。应使用校准的分子质量标准来准确测量分子质量。
- 可引入免疫痕迹的辣根过氧化物酶参照生物素化标准(HRP) 或碱性磷酸酶检测步骤。银染或其它染色方法设计了其他标记参考。
- 大多数标记参考是SDS- PAGE 设计。如果是非变性胶，则必须用于非变性胶的标记参考。
＊样式
- 聚丙烯酰胺凝胶总是倒在两块玻璃板之间。两块玻璃板分开。间隔板厚度不同，与同厚度的梳子一起使用。
- 连续胶VS非连续胶。连续胶系统有一种分离胶，在阴极和阳极之间使用相同的缓冲液。非连续胶分为两部分：浓缩胶（大孔胶）。在非连续胶系统中，阴极和阳极之间使用不同的缓冲液。非连续胶系统分辨率好。
- 双向凝胶用于更准确地分析蛋白质，样品电泳两次，分别称为第一相和第二相。第一相是等电聚焦凝胶(IEF) ，一般以管状胶的形式电泳，以确定每种蛋白质的等电点。然后将胶水放在板状胶水上，用于第二相电泳，然后根据分子质量分离蛋白质。
- 管状凝胶VS板状凝胶。管状凝胶曾用于普通电泳，但现在只用于双向电泳的第一阶段。
＊凝胶
- 38 : 1 (BIS聚丙烯酰胺 质量比)质量比是蛋白质凝胶制胶所用储液的一般比例。制胶时，取不同的38 : 1 用不同丙烯酰胺浓度的胶水制备混合物的量。
- 梯度胶或非梯度胶。非梯度胶的丙烯酰胺浓度为1%，可与周围条带分离，适用于观察分子量相似的两条条带。梯度胶可以将大分子量的条带与小分子量的条带分离在同一块胶上。
- 变性胶或非变性胶。由于蛋白质是两性化合物，它们的净电荷由环境中的pH值组成 价值决定。根据蛋内质的pka pH与周围介质相匹配 值的蛋白质会被阴极或阳极吸引。因此，在非变性条件下，蛋白质的电泳分离是由蛋白质的大小和电荷决定的，而在变性条件下的分离只由大小决定。
- SDS-PAGE。SDS 它是一种阴离子去污剂，使蛋白质变性带来负电荷。在变性条件下，电泳不再是一种影响囚素，蛋白质的电泳迁移只依赖于分子质量。
＊缓冲液
- 大多数蛋白质凝胶应用甘氨酸-Tris 缓冲液(196 mmol/L 甘氨酸／ 0 . 1 % SDS/50mmol//L Tris-HCI, pH 8.3) 。配制至少2L 的l0 X 室温保存缓冲液。
- Tricine ［ 三、甲基甘氨酸(轻基)］肽和小蛋白质用于缓冲液(2~80) kDa) 的电泳。
＊电源
- 25~30 mA (200V) 电泳。通常，当染料前缘到达胶水底部时，停止电泳。
- 当蛋白质穿过浓缩胶时，电泳应该慢一点，低于50 V 。样品一旦处于浓缩胶和分离胶的界面，可将电压提高到200 V 。
＊染色
- 电泳后，凝胶染色与染色液一起洗澡，然后多次清洗以去除多余的染料。
- 最常用的染色液是0.2% 45岁的考马斯亮蓝 : 45 : 10 甲醇：水：水： 乙酸混合液中37℃摇染2~3 个小时。用25 ：65: 10 甲醇：水：水：乙酸脱色。
- 银染是一种更敏感的染色方法，用于考马斯亮蓝染色非常浅或根本没有染色的蛋白质染色。使用起来也更复杂。
