包含蛋白质的细胞和细菌在分离蛋白质时必须先分解。
物理裂解。用各种机器完成，如：
1. 氮气穴弹。氮解压是裂解真核细胞的一种温和方法，存在于一定压力下的氮与细胞内的氮平衡。当释放压力时，溶液中产生的氮和间歇性气泡会导致单个细胞膜的破裂，但不会有进一步的细胞裂解，细胞器保持完整，氮产生的压力和温度降低会保护蛋白质不被降解。
2. 匀浆器。它基本上是一种对细胞施加剪切力的搅拌机。除非添加玻璃珠，否则不适合细菌。
3. 超声波处理器(超声波仪)。超声波会产生许多小气泡，不仅会破坏细胞，还会切断DNA 。玻璃珠可用于破裂细菌。
4. 冷冻压力器。在冷冻压力下，细胞只能通过一个非常狭窄的孔，产生的剪切力和裂解力足以破裂细胞壁。
5. 磨碎珠子的匀浆器。细菌、孢子或酵母在含有玻璃或锆珠的管道中强烈振动，细胞在几分钟内被珠子振动和轰击裂解。
6. 去污剂。去污剂被用来有效地裂解许多真核细胞。去污剂的使用取决于裂解细胞的使用。使用前仔细检查去污剂的来源，因为它们的质量和纯度对蛋白质分离的成功有很大的影响。
1)阴离子去污剂包括胆汁酸盐、辛酸盐SDS (十二烧基硫酸钠)、脱氧胆酸等。
2)阳离子去污剂包括氯化十六烧基吡啶和氯化苯甲烷藻胺。
三、两性离子去污剂，如： CHAPS 和卵磷脂。
4)非离子去污剂，如洋地黄苷昔、Tween-20 、Triton X-100 。
非离子去污剂非常温和，不会破坏核膜，通常用于免疫共沉淀前裂解细胞。0.1 ％Triton X-100 水溶液可以裂解大多数哺乳动物的细胞，加入0.5 ％它不会对大多数要分离的酶造成伤害。许多酶，如蛋白酶K ，在Triton X-100 在存在下仍有活动。
