该方案用于设计特异性抑制细胞miRNA 反义寡核昔酸的功能(ASO ) 。2′-O- 甲基化修饰的反义寡核苷酸( ASO ) 能提高其有效性和抗降解能力, 然而,3’端胆固醇修饰可以促进ASO 进入细胞。、

设备
连接互联网的计算机
方法
1 从mirbase ( http://rnicroma.sanger.ac. uk/sequences ) 下载目标miRNA 序列。
2. 根据Watson- Crick 碱基配对原理和miRNA 设计反义miRNA序列 序列。
3. 在反义miRNA 两端加入5 任意碱基(如5)′-UCUUA-反义mRNA 序列-accuu-3 ‘ ),从而设计ASO 序列。
4 使用mfold 默认设置(http ://mfold. bioinfo.rpi. edu/cgi-bin/ma-form 1-2.3 . cgi ) 检测ASO序列中可能的二级结构。如果ASO 如果序列能形成稳定的二级结构,则改变侧链序列并重复步骤4 。
5 Blast 分析 。假如MRNA 13.侧链序列和靶序列 以上碱基
重复步骤3是互补的 ~步骤5 。
6 寡核苷酸的设计比较。所有实验都必须包括ASO和实验组 具有相同侧链序列和相同长度的错配序列 ( mismatched ) 寡核苷酸对照与/或无关。错配对照是指ASO 与目标miRNA相比 间至少存在4 等距离嘌呤-嘌呤错配。无关对照是指由其他物种非同源反义引物序列或随机序列组成的ASO 。如步骤4 以及步骤5所述,所有对照寡核苷酸应仔细检查可能的二级结构及其与MRNA 的互补性。改变寡核苷酸序列的碱基可以尽量减少二级结构及其与MRNA的存在 的互补性。
7 从寡核苷酸合成公司获得2′- O-ASO修饰甲基 序列。

