几种支原体检测方法各有优缺点。每个实验室都可以根据具体情况选择不同的方法，或者联合使用几种方法。
1. 培养法它是最经济、最可靠的方法，但实验周期较长，因此常用于最终筛选怀疑细胞。
2. 荧光指示细胞法比较快，方法简单，但灵敏度有一定的不足， 容易造成漏检。
3. PCR 法检测支原体的方法是最快、最敏感、最少的取样方法。它不仅可以检测细胞本身，还可以检测细胞清晰度，还可以检测各种支原体的污染。这是目前常用的检测方法。但其成本高，条件严格，有时容易出现假阳性或假阴性。弥补的方法是通过3个可疑样品 次PCR 用培养法进行检测或检测。
4. 扫描电子显微镜法非常直观准确，对使用环境要求高，操作复杂，实验周期长，常作为样品的最终定性检测。
