污染不仅是时间的延迟，也是一场灾难。熟练的无菌操作可以避免许多问题，但早期污染检测是一种预警方法。注意培养箱中每瓶细胞的观察，养成习惯。每次打开培养箱，快速检查是否有污染。
细菌、酵母、真菌、霉菌、支原体等培养细胞都可能造成污染。
如何识别污染
一、肉眼观察，拿起培养瓶或培养皿，检查光线。
- 浑浊情况。即使细胞密度很高，培养基也应该是透明的。轻轻移动或摇晃培养瓶，观察培养基的浊度或悬浮，一些霉菌可能在培养基表面形成菌落。
- 培养基颜色的变化。在酸性条件下，酚红培养基由红变黄，碱性培养基由红变紫。细菌污染往往会使培养基变黄，真菌污染会使培养基变深紫红色。
- 闻！当然，你不能打开瓶子闻。把鼻子贴在瓶口闻。许多污染发生后会散发出易察觉和特殊的气味，甚至一打开培养箱门就会闻到。
二、显微观察。在倒置显微镜下使用低倍(10 X) 再用高倍(40 X) 物镜(总放大倍数为400) 观察细胞培养皿或培养瓶中的细胞：
- 其它有机体。在低倍镜下，真菌的菌丝体生长成棒状，穿过整个视野，酵母有时呈小球形，有时呈芽状。
细菌可以在高倍镜下观察到。它们可能是棒状或球状的，单独形成链条或团体。它们也可能与细胞混合，明显位于细胞内部。有些细胞可能已经裂解和模糊。在观察过程中，每两个视野可能只有一个污染（当然，它被污染了！），污染物可能会移动。
- 损伤细胞。感染会杀死细胞，可能导致每个细胞的裂解和裂解／或者细胞层完全剥离附着物，更有可能细胞变得不规则(或大或小)，在低倍镜下呈黑色粒状
悬浮培养细胞比贴壁培养细胞更难显微观察，尤其是在高倍显微镜下。
- 在显微镜载物台上放置培养瓶或培养皿，静置一段时间。
- 将焦距对准器皿底部，观察轻微附着的细胞，因为它们可能已经接触到微生物。
- 针对整个培养瓶的焦距，发现细胞时，用细聚焦调节旋钮进行调节，仔细检查周围的培养基是否有污染。
图一 倒置显微镜放大倍数4000 观察到的贴壁细胞被污染了 a 霉菌； b 酵母； c 细菌，小棒； d 细菌，球形，有些细菌已经进入细胞。
如果你不确定是否有污染
- 制作湿涂片或染色片。取1 ml 培养基离心，用50 μl 培养基或缓冲液再次悬浮细胞，滴一滴到载玻片，盖上玻片制成湿涂片；或涂层、固定和染色（甲基兰或革兰氏染料），在高倍镜下观察。
- 在营养培养基或琼脂培养基上划线细胞， 37℃培养3 天。如果有菌落，细胞就会被污染。
- 取1 ml 细胞培养液进入无菌微量离心管， 37℃培养3 天。观察浑浊物，做湿涂片显微镜观察。
