Maxam 和Gilbert DNA的发展 化学测序法(1977， 1980) 在中间，碱基专用化学试剂在一个或两个特定的核苷酸位置随机断裂纯化的3端或5端′ DNA终端标记， 产生4 套聚脱氧核糖核苷酸。因为DNA只有终端标记 只有在测序胶的放射显示在显影图中，才能观察到含有固定终端的片段，从而产生4个片段 列DNA 阶梯，见图1
图1 化学测序法。图中表示4 凝胶电泳分离后的寡核苷酸阶梯是一种化学裂解反应产物。星号（＊）表示32 p DNA标记在5端，凝胶中 片段3′ 带阴影的碱基表示在化学修饰后，核苷酸链在哌啶介导的链条剪切过程中被取代的碱基。例如， DNA 与DMS 经过有限的反应后，随后的哌啶处理会导致修改后的G 定量释放产生的寡核苷酸链在序列中与脊G紧密相连 碱基是末端。本例中的产物是 *pGpApTpCpGp 和*pGpApTpCp, “每一种产品都是分开的”G” 游泳道形成条带。至于*pG,其产物是*p, 很有可能已经跑出胶水，所以很难确定5‘端碱基。由于甲酸对嘌呤的特殊反应，终于G或A 的片段在“G A” 游泳道形成条带。因此，G终止 G中会出现片段 A 和G 但是在游泳道上结束了A G只会出现片段 A 泳道上。同样，T是通过分析进行的 C 和C T是否存在于游泳道上 和C 这两个碱基(在NaCl)也可以区分(在NaCl) 在存在和不存在的情况下使用陷阱处理)。
碱基修饰和链断裂是在两种分离反应中进行的。化学法的特异性是基于第1条 中肼、硫酸二甲酯或甲酸对碱基的修饰步反应：
G：DMS 使鸟嘌呤第七 位氮原子甲基化，然后断开第8 位碳原子和第九 化学键位于氮原子之间。
G A ：甲酸使嘌呤环上的氮原子质子化，削弱了腺嘌呤脱氧核糖核苷酸和鸟嘌呤脱氧核糖核苷酸中的糖苷键。
T C ：嘧啶环断开。
C ： 在NaCl 存在时，只有C 只有这样，我们才能与肼发生反应。
在所有的4 在反应中，哌啶从核糖分子上取代了修改后的碱基，催化了磷酸二酯键在这个位置上的断裂。这种反应必须是定量的。DNA 阶梯可以通过4 读出条泳道的比较。G A 泳道中的A 如果片段没有出现在G中 游泳道读A; 出现在T C 但是游泳道没有出现在C 游泳道的片段读成T （图1) 。
