为了达到SiRNA的高转染效率，在转染实验过程中应注意以下几点：
1.纯化SiRNA
SiRNA的浓度和纯度对感染实验非常重要。为了获得高纯度的SiRNA，建议将多余的核苷酸、小寡核苷酸、蛋白质和盐离子与玻璃纤维结合洗脱或通过15-20%丙烯酰胺胶去除。注：化学合成RNA通常需要胶水电泳纯化（即PAGE胶水纯化）。
2.避免RNA酶污染
微量RNA酶会导致SiRNA转染实验失败。由于RNA酶在实验环境中很常见，如皮肤、头发、所有徒手接触或暴露在空气中的物品，因此确保实验中的每个环节不被RNA酶污染是非常重要的。
3.健康的细胞培养物和严格的操作，以确保重复感染
一般来说，健康的细胞感染效率较高。此外，较低的代数可以确保每个实验中使用的细胞的稳定性。为优化实验，建议使用50代以下的感染细胞，否则随着时间的推移，细胞感染效率会显著降低。
4.选择合适的转染试剂
针对siRNA的不同制备方法和靶细胞类型，选择良好的转染试剂和优化操作对siRNA实验的成功至关重要。例如，engren的entranster-R400专门用于siRNA等RNA转染。
5.通过适当的阳性对照优化转染和检测条件
对于大多数细胞来说，看家基因是更好的阳性对照。将不同浓度的阳性对照SiRNA转移到靶细胞（也适用于实验靶SiRNA），并在48小时后计算与未转染细胞相比，对照蛋白或MRNA的降低水平。过多的SiRNA会导致细胞毒性甚至死亡。
6.通过标记SiRNA来优化实验
荧光标记的SiRNA可以用来分析SiRNA的稳定性和传染效率。标记的SiRNA也可以用作SiRNA的定位和双标记实验(配合标记抗体)来跟踪传染过程中导入SiRNA的细胞，并将传染与靶蛋白表达的减少相结合。
