电穿孔效率受以下因素影响：
- 加电场的强度。培养细胞质膜的变化不足以允许DNA 通过； 如果电压过高，细胞就会受到不可逆转的损伤。对于大多数哺乳动物细胞系， 电压250~ 500V/cm可达到最高瞬时表达水平。通常通过电穿孔， 20% ～ 50％能存活的细胞(根据台盼蓝拒染法的检测结果) ( Patterson 1979; Baum et al. 1994) 。
- 电脉冲的长度。细胞通常是单次电脉冲。电脉冲的持续时间、电场形状和强度取决于电源容量和电穿孔杯的大小。大多数电穿孔装置允许研究人员控制脉冲参数。电穿孔器有两种电脉冲形状：指数衰减波和方形波。
- 温度。一些研究人员报道， 在电穿孔过程中，细胞在室温下保持最高的瞬时表达水平(Chu et al. 1987)；有些人把细胞保持在0 °C 结果更好(Reiss et al. 1986) 。上述差异的原因可能是细胞类型不同或电穿孔过程中产热量不同， 高电压(大于1000V//cm)、长时间电脉冲(大于l00ms) 它很容易产生更多的热量。电脉冲处理后，细胞在电穿孔室孵化l ~2min 能提高瞬时表达效率(Rabussay et al. 1987) 。
- DNA 构象和浓度。尽管线性和环状DNA 均可通过电穿孔转染，但采用线性DNA 瞬时表达和稳定转化的水平更高(Neumann et al. 1982; Potter et al. 1984;Toneguzzo et al. 1986) 。采用1 ~40μg/mL DNA浓度 可获得高效的转染。质粒纯度也是影响电穿孔效率的重要因素。
- 培养基的离子成分。使用缓冲盐溶液(如HEPES) 盐缓冲液)悬浮细胞的转染效率是甘露糖或蔗糖等非离子体的几倍(Rabussay et al. 1987) 。
- 细胞的生理状态。生长活跃、状态健康、无污染、最低代次的细胞可获得最佳转染效果。
