一旦细胞被污染，大多数细胞就很难处理。如果污染细胞的价值很小，它们应该被放弃；在找到原因后，彻底消毒手术室，恢复或重新购买细胞，然后再培养。
若污染细胞价值较大，且难以重新获得，可采取以下方法进行清除。
一、去除细菌和真菌
1、使用抗生素
抗生素对杀灭细菌更有效。联合用药效果优于单独用药。预防用药效果优于污染后用药。双抗生素一般用于预防用药。污染后，应使用超过5种常用药物～10倍冲洗法，加药后24倍～48小时，然后更换常规培养液。该方法在早期污染中有效。
二、清除支原体
1、MRA处理
用MRA(Mycoplasma Removal Agent)对细胞进行处理，每4天更换一次液体，连续15天，确保细胞纯净健康，效果良好.
2、用清洗纯化法清除支原体污染
驯化细胞营养→筛选优质细胞群→细胞清洗→反复离心洗涤
其原理是利用离心力、细胞、微生物质量和悬浮液的浮力差来去除支原体。由于支原体较小，除发酵支原体外，大多寄生在细胞外，潜在支原体的数量通过反复清洗细胞和低速离心液体交换减少到极限。
如果结合敏感抗生素的抑制作用，可以达到更好的效果。
3、辅助加热药物
先用药物治疗后，将污染的组织培养物放入41℃培养18小时，可杀死支原体，但对细胞有不良影响。
4、使用支原体特异性血清
5%的兔支原体免疫血清可以去除支原体污染。由于特殊抗体可以抑制支原体的生长，抗血清处理后11天变为阴性，5个月后仍为阴性。但是这种方法比较麻烦，不如抗生素方便经济。
