SiRNA转染效率不理想，常见原因有：
1. RNA与转染试剂的比例较差
由于RNA序列、合成条件和荧光标志的不同，RNA和转染试剂在不同情况下会有不同的最佳条件，建议先进行预实验优化。
2. 细胞密度差
将细胞密度调整到转染时，汇合度为20-40%。SiRNA细胞的成功转染会降低目标基因表达，但未成功转染的细胞不会受到影响。此时，转染效率和总细胞数量非常重要。当细胞数量较少时，转染效率较高。由于SiRNA沉默及时性的影响，QRT-PCR检测只能在感染后48小时进行，蛋白质检测只能在感染后48-72小时进行。如果铺装密度高，一方面细胞的感染效果不理想，直接影响沉默效果和数据可靠性，另一方面，在48小时或更长时间后，过密的细胞会影响细胞状态，从而影响实验结果。
3. RNA效率低
选择最佳RNA，并使用已知和高效的RNA进行比较。SiRNA的合成需要注意的是，必须选择高纯度的SiRNA。SiRNA的纯度直接关系到感染效率和沉默效率。
4.转染试剂不合适
Entranster试剂是专门针对sirna转染的试剂。
