现行《食品安全法》在规范食品生产经营活动、确保食品安全方面发挥了重要作用，但我国食品企业仍存在非法生产经营现象。草案首次审议后，中国人民代表大会网络全文公布修订草案，征求公众意见。根据常委会成员的审议意见和各方面的意见，法律委员会逐一审议了修订草案。根据全国人民代表大会法律委员会向全国人民代表大会常务委员会提交的修改报告，修改涉及更多章节、更大变化、食品流通环节、媒体监督、保健产品使用原材料管理等问题，特别是非法从事生产经营活动的，将增加其法律责任。
非法使用剧毒、高毒农药可以拘留
草案第十一条国家鼓励使用高效、低毒农药，加快消除剧毒、高毒农药。《草案》第十一十四条规定，非法使用剧毒、高毒农药的，除依照有关法律、法规处罚外，可以由公安机关拘留。
一些常委会委员建议加强食用农产品安全源头管理，明确规定国家禁止生产、销售和使用剧毒、高毒农药，鼓励使用高效、低毒农药。对此，国务院法制办公室和农业部提出，目前不可能全面淘汰剧毒和高毒农药，部分病虫害防治缺乏有效的替代性低毒农药。爆发性病虫害还需要储备适量的剧毒和高毒农药进行应急处理。
目前，中国正按照“时机成熟，禁止”的原则，分阶段分批淘汰农药。因此，《草案》第二稿增加了“国家鼓励使用高效、低毒农药，加快消除剧毒、高毒农药”的规定。同时，对非法使用剧毒、高毒农药的，可以予以拘留。
鼓励“食品安全责任险” 并非强制
《草案》第四十二条规定，国家鼓励食品生产经营企业参加食品安全责任保险。
草案第六十四条转基因食品的生产经营应当按照规定进行标识。
一些常务委员会成员和公众提出，中国《农业转基因生物安全管理条例》规定了农业转基因生物识别制度，一些国家还规定，转基因食品应当在标签上明确规定。为了保护消费者的知情权，法律委员会建议将这一条款添加到草案的二审草案中。同时，还增加了未按规定进行识别的法律责任。
储存和运输食品
草案第二条在我国境内从事食品储存、运输、装卸的，应当遵守本法。食用农产品的市场流通也应当遵守本法。
此前，食品的储存和运输一直被视为食品生产经营者的“相关活动”，法律中没有单独的规定。然而，近年来，随着网上购物的兴起，相当一部分网上食品交易面临的各种问题开始受到关注。
一些常委会委员和地方政府提出，食品储运是食品安全的重要环节。除食品生产经营者外，一些专业的仓储物流企业也从事食品储运，应加强管理。因此，法律委员会建议将食品储运纳入本法的调整范围。同时，还增加了规定，非食品生产经营者从事食品储存、运输、装卸、储存、运输、装卸食品的容器、工具、设备应安全无害，并保持清洁，防止污染。还要保证食品所需的温度条件，食品不能与有毒有害物品一起运输。
同时，一些成员、地方和部门提出，食品安全注重源头管理，以往食品安全法对食用农产品的规定不太清楚，第二草案增加了规定，食用农产品的市场流通也纳入了本法的规定。
